Paket: r-cran-spp (1.16.0-2)

[ Quellcode: r-cran-spp  ]

GNU R ChIP-seq processing pipeline

R package for anlaysis of ChIP-seq and other functional sequencing data

 * Assess overall DNA-binding signals in the data and select appropriate
   quality of tag alignment.
 * Discard or restrict positions with abnormally high number of tags.
 * Calculate genome-wide profiles of smoothed tag density and save them
   in WIG files for viewing in other browsers.
 * Calculate genome-wide profiles providing conservative statistical
   estimates of fold enrichment ratios along the genome. These can be
   exported for browser viewing, or thresholded to determine regions of
   significant enrichment/depletion.
 * Determine statistically significant point binding positions
 * Assess whether the set of point binding positions detected at a
   current sequencing depth meets saturation criteria, and if does not,
   estimate what sequencing depth would be required to do so.

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-spp

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-bioc-rsamtools

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-cran-bh (>= 1.66)

  (Virtual) GNU R package to provide BH

• dep: r-cran-catools

  GNU R package providing various utility functions

• dep: r-cran-rcpp

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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