Paket: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 und andere) [non-free]

[ Quellcode: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rolle: Programm, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  Serialisierungsbibliothek für C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  Portierbares C++-Multi-Threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

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Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armel	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1.211,9 kB	9.133,0 kB	[Liste der Dateien]