Paket: khmer (2.1.2+dfsg-8)

[ Quellcode: khmer  ]

in-memory DNA sequence kmer counting, filtering & graph traversal

khmer is a library and suite of command line tools for working with DNA sequence. It is primarily aimed at short-read sequencing data such as that produced by the Illumina platform. khmer takes a k-mer-centric approach to sequence analysis, hence the name.

Markierungen: Biologie: Fasta/Pearson, Nukleinsäuren, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c++, implemented-in::python, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, use::analysing, Zweck: Vergleichen, Filtern

Andere Pakete mit Bezug zu khmer

• dep: cython3 (>= 0.26.1)

  C-Erweiterungen für Python 3

• dep: khmer-common

  common files for the khmer project tools

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-bz2file

  Python3 library for reading and writing bzip2-compressed files

• dep: python3-screed (>= 1.0)

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	6.491,9 kB	29.482,0 kB	[Liste der Dateien]