Paket: libbio-samtools-perl (1.43-3 und andere)

[ Quellcode: libbio-samtools-perl  ]

Perl interface to SamTools library for DNA sequencing

Bio::SamTools provides a Perl interface to the libbam library for indexed and unindexed SAM/BAM sequence alignment databases. It provides support for retrieving information on individual alignments, read pairs, and alignment coverage information across large regions. It also provides callback functionality for calling SNPs and performing other base-by-base functions. Most operations are compatible with the BioPerl Bio::SeqFeatureI interface, allowing BAM files to be used as a backend to the GBrowse genome browser application.

Markierungen: Software-Entwicklung: Perl-Entwicklung, Bibliotheken, Implementiert in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rolle: Entwicklungs-Bibliothek, Laufzeit-Bibliothek

Andere Pakete mit Bezug zu libbio-samtools-perl

• dep: libbio-perl-perl

  Grundlegende Perl-Module von BioPerl

• dep: libc6 (>= 2.15)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: perl (>= 5.32.0-4)

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: perlapi-5.32.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• enh: gbrowse

  GMODs Generic Genome Browser

• enh: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.43-3+b1	194,0 kB	625,0 kB	[Liste der Dateien]