Paket: bioperl-run (1.7.3-9)

[ Quellcode: bioperl-run  ]

BioPerl-Hüllen: Skripte

Enthält Skripte aus dem Paket BioPerl-Run. Dieses Paket installiert auch alle einhüllbaren Anwendungen, für die es Debian-Pakete gibt. Die nicht-freien Pakete werden von diesem Paket vorgeschlagen.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu bioperl-run

• dep: bioperl (>= 1.7.4)

  Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen

• dep: default-jdk-headless

  Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)

• dep: hyphy-pt

  Hypothesentest unter Verwendung von Phylogenie (pthreads-Version)

  oder hyphy-mpi

  Hypothesentest unter Verwendung von Phylogenie (MPI-Version)

• dep: libbio-cluster-perl

  BioPerl cluster modules

• dep: libbio-eutilities-perl

  BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)

• dep: libbio-featureio-perl

  Modules for reading, writing, and manipulating sequence features

• dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-9)

  BioPerl wrappers: modules

• dep: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

  Bioperl interface to Clustal W

• dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl

  Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP

• dep: libsoap-lite-perl

  Perl-Implementierung von SOAP für Clients und Server

• dep: libtest-requiresinternet-perl

  module to easily test network connectivity

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• rec: amap-align

  Protein multiple alignment by sequence annealing

• rec: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• rec: bowtie

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• rec: emboss

  Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie

• rec: exonerate

  Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich

• rec: hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: infernal

  Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur

• rec: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

• rec: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• rec: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: maq

  Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: ncbi-blast+-legacy

  NCBI Blast legacy call script

• rec: ncoils

  coiled coil secondary structure prediction

• rec: pal2nal

  converts proteins to genomic DNA alignment

• rec: pftools

  build and search protein and DNA generalized profiles

• rec: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sim4

  Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA

• rec: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• rec: tigr-glimmer

  Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien

• rec: wise

  Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen

• sug: fasta3

  tools for searching collections of biological sequences

• sug: gmap

  spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

• sug: trnascan-se

  detection of transfer RNA genes in genomic sequence

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
all	39,6 kB	93,0 kB	[Liste der Dateien]