Paket: clustalw (2.1+lgpl-7)

[ Quellcode: clustalw  ]

Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

Clustal W führt ein Alignment mehrerer Nukleotid- oder Aminosäurensequenzen aus. Das Programm erkennt das Format der Eingabesequenzen und ob die Sequenzen aus Nuklein- (DNA/RNA) oder Aminosäuren (Proteine) bestehen. Das Ausgabeformat kann aus verschiedenen Formaten für multiple Alignments ausgewählt werden, etwa Phylip oder FASTA. Clustal W ist allgemein anerkannt.

Die Ausgabe von Clustal W kann händisch editiert werden, jedoch wird ein Alignment-Editor wie SeaView oder Clustal X empfohlen. Bei der Erstellung eines Modells aus Ihrem Alignment, kann die Ausgabe für verbesserte Datenbanksuchen verwendet werden. Das Debian-Paket hmmer erstellt dies mittels eines Hidden-Markov-Modells (HMM).

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Benutzer-Schnittstellen: Text-basiert interaktiv, Rolle: role::program, scope::utility, Zweck: Vergleichen, Unterstützt Formate: works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andere Pakete mit Bezug zu clustalw

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• sug: clustalx

  Multiples Alignment von Nukleotid- und Proteinsequenzen (grafische Oberfläche)

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• enh: bioperl-run

  BioPerl-Hüllen: Skripte

• enh: emboss

  Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
s390x	247,5 kB	794,0 kB	[Liste der Dateien]