Paket: bio-tradis (1.4.5+dfsg2-1)

[ Quellcode: bio-tradis  ]

analyse the output from TraDIS analyses of genomic sequences

Bio-Tradis contains a set of tools to analyse the output from TraDIS analyses.

The Bio-Tradis analysis pipeline is implemented as an extensible Perl library which can either be used as is, or as a basis for the development of more advanced analysis tools.

Please note: You need to manually install BioConductor Edger which can not be distributed by Debian in recent version since it is using non-distributable code locfit.

Andere Pakete mit Bezug zu bio-tradis

• dep: libbio-perl-perl

  Grundlegende Perl-Module von BioPerl

• dep: libexception-class-perl

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• dep: libmoose-perl

  Modernes Rahmenwerk für das Perl-Objektsystem

• dep: libtext-csv-perl

  Manipulator für komma-getrennte Werte (mittels XS oder reinem Perl)

• dep: libtry-tiny-perl

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• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: r-base-core

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-cran-getopt

  GNU R package providing command-line parsing functionality

• dep: r-cran-mass

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• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: tabix

  generic indexer for TAB-delimited genome position files

• sug: artemis

  Genombrowser und Anmerkungswerkzeug

• sug: r-bioc-edger

  Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R

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