Paket: r-bioc-titancna (1.36.0-1)

[ Quellcode: r-bioc-titancna  ]

Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing

Hidden Markov model to segment and predict regions of subclonal copy number alterations (CNA) and loss of heterozygosity (LOH), and estimate cellular prevalence of clonal clusters in tumour whole genome sequencing data.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-titancna

• dep: libc6 (>= 2.2)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.31.6)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.8.7)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.24.3)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.6.1)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.18.7)

  BioConductor annotation of genetic variants

• dep: r-cran-data.table (>= 1.10.4)

  GNU R - Erweiterung von data.frame()

• dep: r-cran-dplyr (>= 0.5.0)

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-foreach (>= 1.4.3)

  GNU R foreach looping support

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