Paket: stacks (2.62+dfsg-1)

[ Quellcode: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Andere Pakete mit Bezug zu stacks

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  Modul für die Erzeugung von Excel-Tabellen

• rec: littler

  Kommandozeilen- und Skripting-Frontend für GNU R -- Übergangspaket
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-cran-littler

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	1.177,1 kB	5.834,0 kB	[Liste der Dateien]