Paket: hts-nim-tools (0.2.1-1)

[ Quellcode: hts-nim-tools  ]

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check

This package provides several tools that (at least at the time of their creation) provide functionalities beyond the routine provided by samtools and other reverse dependencies of the htslib.

These new tools are

 • bam-filter : filter BAM/CRAM/SAM files with a simple expression language
 • count-reads: count BAM/CRAM reads in regions given in a BED file
 • vcf-check  : check regions of a VCF against a background for missing chunks

and yes, as the name suggests, these tools are all implemented in nim, using the nim-hts (upstream: hts-nim) wrapper for the htslib.

Andere Pakete mit Bezug zu hts-nim-tools

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: nim-hts-dev

  wrapper for hts C library

hts-nim-tools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	198,0 kB	864,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	164,6 kB	844,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	182,9 kB	832,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	182,9 kB	604,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	186,0 kB	843,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	137,8 kB	951,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	141,6 kB	934,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	158,6 kB	916,0 kB	[Liste der Dateien]