Package: r-bioc-txdbmaker (1.0.1+ds-1)

[ Source: r-bioc-txdbmaker  ]

Tools for making TxDb objects from genomic annotations

A set of tools for making TxDb objects from genomic annotations from various sources (e.g. UCSC, Ensembl, and GFF files). These tools allow the user to download the genomic locations of transcripts, exons, and CDS, for a given assembly, and to import them in a TxDb object. TxDb objects are implemented in the GenomicFeatures package, together with flexible methods for extracting the desired features in convenient formats.

Other Packages Related to r-bioc-txdbmaker

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocio (>= 1.14.0)

  standard input and output for Bioconductor packages

• dep: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)

  GNU R Interface til BioMart-databsaer (Ensembl, COSMIC, Wormbase og Gramene)

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-ucsc.utils (>> 1.0.0+ds-1)

  Low-level utilities to retrieve data from the UCSC Genome

• dep: r-cran-dbi

  GNU R-pakke der tilbyder en generisk databasegrænseflade

• dep: r-cran-httr

  GNU R-værktøjer for arbejdet med adresser og HTTP

• dep: r-cran-rjson

  GNU R-pakke til at konvertere mellem R- og JSON-objekter

• dep: r-cran-rsqlite (>= 2.0)

  Database Interface R-driver for SQLite

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmariadb

  Databasegrænseflade og »MariaDB«-driver

• sug: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

Download r-bioc-txdbmaker

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	722.1 kB	3,052.0 kB	[list of files]