Package: pycoqc (2.5.2+dfsg-3)

[ Source: pycoqc  ]

computes metrics and generates Interactive QC plots

PycoQC computes metrics and generates interactive QC plots for Oxford Nanopore technologies sequencing data

PycoQC relies on the sequencing_summary.txt file generated by Albacore and Guppy, but if needed it can also generates a summary file from basecalled fast5 files. The package supports 1D and 1D2 runs generated with Minion, Gridion and Promethion devices and basecalled with Albacore 1.2.1+ or Guppy 2.1.3+

Other Packages Related to pycoqc

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-h5py

  Almene Pythongrænseflader til hdf5

• dep: python3-h5py-serial

  Almene Pythongrænseflader til hdf5 - Python 3 seriel

• dep: python3-jinja2

  Lille men hurtigt og letanvendelig enkeltstående skabelon-generator

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-plotly (>= 4.1.0)

  Python 3-plotbibliotek for grafer i udgivelseskvalitet

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-tqdm

  Hurtig, udvidelig statusbjælke for Python 3 og kommandolinjeværktøjer

Download pycoqc

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	35.4 kB	194.0 kB	[list of files]