Package: pigx-rnaseq (0.1.1-1)

[ Source: pigx-rnaseq  ]

pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses

This package provides a automated workflow for the automated analysis of RNA-seq experiments. A series of well-accecpted tools are connected in Python scripts and controlled via snakemake. This supports the parallel execution of these workflows and provides checkpointing, such that interrupted workflows can take up their work again.

Other Packages Related to pigx-rnaseq

• dep: fastp

  Ultrahurtig alt i en FASTQ-forbrænder

• dep: fastqc

  Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata

• dep: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

  or rna-star

  Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram

• dep: libjs-jquery-datatables

  jQuery-udvidelsesmodul der laver pæne tabeller fra forskellige datakilder

• dep: libjs-jquery-tablesorter

  Fleksibel klientorienteret tabelsortering - jQuery-udv.modul

• dep: megadepth

  computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

• dep: multiqc

  Vis integration for RNS-sekventering på tværs af værktøjer og prøver

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-deeptools

  Platform til at udforske biologiske deep-sequencing-data

• dep: python3-htseq

  Python 3-redskaber til høj-gennemløb læseanalyse af genomsekventeringer

• dep: r-bioc-deseq2

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor - assay-container

• dep: r-bioc-tximport

  Estimater på transkriptniveau for biologisk sekventering

• dep: r-cran-corrplot

  Visualisering af en korrelationsmatrix

• dep: r-cran-crosstalk

  GNU R-mellem-kontrol interaktivitet for HTML-kontroller

• dep: r-cran-data.table

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• dep: r-cran-dt

  GNU R-omslag for JavaScript-bibliotkeet »DataTables«

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-ggpubr

  GNU R ggplot2-baseret udgivelsesplot

• dep: r-cran-ggrepel

  Automatisk positionering ikkeoverlappende tekstetiketter i plot

• dep: r-cran-gprofiler2

  Interface to the 'g:Profiler' Toolset

• dep: r-cran-pheatmap

  GNU R-pakke til at oprette smukke varmekort

• dep: r-cran-plotly

  Opret interaktiv internetgrafik via »plotly.js« i GNU R

• dep: r-cran-reshape2

  Fleksibelt omdanne data - en genstart af pakken reshape

• dep: r-cran-rjson

  GNU R-pakke til at konvertere mellem R- og JSON-objekter

• dep: r-cran-rlang

  Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner

• dep: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• dep: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• dep: salmon

  Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: snakemake

  Pythonisk system for håndtering af arbejdsforløb

• dep: trim-galore

  Automatiser kvalitet og adaptertilpasning for DNA-sekventering

• rec: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• rec: rna-star

  Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram

Download pigx-rnaseq

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	60.3 kB	176.0 kB	[list of files]