Package: libfreecontact0t64 (1.0.21-13.1 and others) [debports]

[ Source:  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder det delte bibliotek, der implementerer freecontact.

Other Packages Related to libfreecontact0t64

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  Kørselstidsbibliotek for GNU Fortran-programmer

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libunwind8

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

Download libfreecontact0t64

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ia64 (unofficial port)	1.0.21-13.1+b1	97.4 kB	319.0 kB	[list of files]