Package: r-bioc-edaseq (2.24.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-edaseq  ]

GNU R exploratory data analysis and normalization for RNA-Seq

Numerical and graphical summaries of RNA-Seq read data. Within-lane normalization procedures to adjust for GC-content effect (or other gene-level effects) on read counts: loess robust local regression, global-scaling, and full-quantile normalization (Risso et al., 2011). Between-lane normalization procedures to adjust for distributional differences between lanes (e.g., sequencing depth): global-scaling and full-quantile normalization (Bullard et al., 2010).

Other Packages Related to r-bioc-edaseq

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-aroma.light

  BioConductor-metoder - normalisering og visualisering af microarray-data

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.15.1)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biomart

  GNU R Interface til BioMart-databsaer (Ensembl, COSMIC, Wormbase og Gramene)

• dep: r-bioc-biostrings

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 1.13.9)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.5.75)

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-shortread (>= 1.11.42)

  GNU R - klasser og metoder for høj-gennemløb kort-læsning sekventeringsdata

• dep: r-cran-biocmanager

  Tilgå pakkearkivet for Bioconductorprojektet

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-deseq2

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• sug: r-bioc-edger

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• sug: r-cran-kernsmooth

  GNU R-pakke for kerneblødgørelse og tæthedsestimering

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

Download r-bioc-edaseq

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	365.1 kB	519.0 kB	[list of files]