Package: r-bioc-ggbio (1.46.0-1)

[ Source: r-bioc-ggbio  ]

Visualization tools for genomic data

The ggbio package extends and specializes the grammar of graphics for biological data. The graphics are designed to answer common scientific questions, in particular those often asked of high throughput genomics data. All core Bioconductor data structures are supported, where appropriate. The package supports detailed views of particular genomic regions, as well as genome-wide overviews. Supported overviews include ideograms and grand linear views. High-level plots include sequence fragment length, edge-linked interval to data view, mismatch pileup, and several splicing summaries.

Other Packages Related to r-bioc-ggbio

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-annotationfilter

  Faciliteter til at filtrere Bioconductors bemærkningsressourcer

• dep: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-biovizbase (>= 1.29.2)

  GNU R-grundlæggende grafiske redskaber for visualsiering af genomiske data

• dep: r-bioc-bsgenome

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• dep: r-bioc-ensembldb (>= 1.99.13)

  GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.1.16)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.29.11)

  GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.29.14)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.11.16)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-organismdbi

  Simpel grænseflade for forskellige databasepakker

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.17.28)

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.25.16)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.13)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor - assay-container

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.11.4)

  BioConductor-annotation af genetiske varianter

• dep: r-cran-ggally

  GNU R extension to r-cran-ggplot2

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 1.0.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R-pakke med udvidelser for pakken grid

• dep: r-cran-gtable

  Arrange grobs in tables

• dep: r-cran-hmisc

  GNU R - diverse funktioner af Frank Harrell

• dep: r-cran-reshape2

  Fleksibelt omdanne data - en genstart af pakken reshape

• dep: r-cran-rlang

  Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner

• dep: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-tinytex

  GNU R helper to compile LaTeX documents

Download r-bioc-ggbio

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,865.2 kB	4,226.0 kB	[list of files]