[ Source: bcbio ]
Package: python3-bcbio (1.2.9-2) [contrib]
Links for python3-bcbio
Debian Resources:
Download Source Package bcbio:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
library for analysing high-throughput sequencing data
This package installs the Python 3 libraries of the bcbio-nextgen toolkit implementing best-practice pipelines for fully automated high throughput sequencing analysis.
A high-level configuration file specifies inputs and analysis parameters to drive a parallel pipeline that handles distributed execution, idempotent processing restarts and safe transactional steps. The project contributes a shared community resource that handles the data processing component of sequencing analysis, providing researchers with more time to focus on the downstream biology.
Other Packages Related to python3-bcbio
|
|
|
|
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python 3-bibliotek for bioinformatik
-
- dep: python3-cyvcf2
- VCF-fortolker baseret på htslib - Python 3
-
- dep: python3-joblib
- tools to provide lightweight pipelining in Python
-
- dep: python3-logbook
- Logsystem for Python som erstatter standardbibliotekets modul - Python 3
-
- dep: python3-matplotlib
- Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3
-
- dep: python3-psutil
- Modul der tilbyder nemme funktioner til at håndtere processer - Python 3
-
- dep: python3-pysam
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- dep: python3-requests
- Elegant og simpelt HTTP-bibliotek for Python3, bygget for mennesker
-
- dep: python3-scipy
- Videnskabelige værktøjer for Python 3
-
- dep: python3-six
- Python 2- og 3-kompatibilitetsbibliotek
-
- dep: python3-tornado
- Skalerbar, ikkeblokkerende internetserver og værktøjer - Python 3
-
- rec: cnvkit
- Kopier nummervariantregistrering fra målrettet DNA-sekventering
-
- rec: gsort
- Sorter genomiske data
-
- rec: libfreetype6
- FreeType 2-skriftmotor - delte biblioteksfiler
-
- rec: libhts-dev
- Udviklingsfiler for HTSlib
-
- rec: lumpy-sv
- Generel sandsynlighedsramme for strukturel variantregistrering
-
- rec: mosdepth
- BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
-
- rec: multiqc
- Vis integration for RNS-sekventering på tværs af værktøjer og prøver
-
- rec: python3-arrow
- Python 3-bibliotek til at manipulere datoer, tidspunkter og tidsstempler
-
- rec: python3-geneimpacts
- Omslutter kommandolinjeværktøjer for at tilgå varianter i gensekvenser
-
- rec: python3-h5py
- Almene Pythongrænseflader til hdf5
-
- rec: python3-pyvcf
- virtual package provided by python3-vcf
-
- rec: python3-seqcluster
- analysis of small RNA in NGS data
-
- rec: python3-statsmodels
- Python 3-modul for estimering af statistiske modeller
-
- rec: python3-tabulate
- Forskønnede tabulære data i Python 3
-
- rec: r-bioc-purecn
- Kopier nummerkald og SNV-klassifikation via målrettet kort læsningssekventering
-
- rec: r-bioc-titancna
- Subklonalt kopiantal og LOH-forudsigelse fra helgenomsekventering
-
- rec: r-other-wasabi
- Forbered Sailfish- og Salmon-resultater for lokal analyse via GNU R
-
- rec: seqan-apps
- C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser
-
- rec: snpeff
- Genetisk variantannotation og effektforudsigelsesværktøjskasse - værktøj
-
- rec: vcfanno
- Kommenter en VCF med andre VCF'er/BED'er/tabixed-filer
-
- rec: vt
- Værktøjssæt for kort variant-registrering i genetiske sekvensdata
-
- sug: bcbio-doc
- Package not available
-
- sug: python3-bioblend
- CloudMan and Galaxy API library (Python 3)
-
- sug: python3-dnapilib
- adapter prediction for small RNA sequencing - library
-
- sug: python3-msgpack
- Python 3-implementering af MessagePack-formatet
Download python3-bcbio
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 1,239.7 kB | 4,871.0 kB | [list of files] |