Pakiet: freecontact (1.0.21-13)

[ Pakiet źródłowy: freecontact  ]

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

Inne pakiety związane z freecontact

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: bash-completion

  Programowalne dopełnianie dla powłoki bash

• sug: hhsuite

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

• sug: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Pobieranie freecontact

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	360,1 KiB	1 734,0 KiB	[lista plików]
arm64	324,7 KiB	1 698,0 KiB	[lista plików]
armel	309,5 KiB	1 537,0 KiB	[lista plików]
armhf	313,2 KiB	1 257,0 KiB	[lista plików]
i386	372,4 KiB	1 781,0 KiB	[lista plików]
mips64el	349,5 KiB	2 443,0 KiB	[lista plików]
mipsel	348,7 KiB	2 281,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	357,8 KiB	2 082,0 KiB	[lista plików]
s390x	325,3 KiB	1 758,0 KiB	[lista plików]